Miami Heat a ďalšie tímy

Dňa 14.7.2004 bol O'Neal vymenený do Miami Heat za Carona Butlera, Lamara Odoma, Briana Granta a výber v prvom kole draftu. Číslo 34 vymenil za 32, ktorú mal na drese v Magic a fanúšikom sľúbil, že do Miami prinesie trofej. Jedným z hlavných dôvodov prečo chcel byť vymenený práve do Miami bola vychádzajúca hviezda Dwayne Wade. V priemere zaznamenal 22.9 bodov a 10.4 doskokov na zápas, stal sa súčasťou All-Star Tímu 12-krát po sebe a miesto dostal aj v prvom tíme NBA. A to aj napriek zraneniu. O'Neal viedol Heat do konferenčného finále, kde v siedmom zápase prehrali s budúcim šampiónom z Detroitu. Pomedzi prsty mu ušlo aj ocenenie pre MVP, v ktorom ho porazil Steve Nash z Phoenixu Suns.
V auguste 2005 O'Neal podpísal predĺženie zmluvy s Heat na 5 rokov a 100 miliónov, pričom mnohí oceňovali jeho ochotu vzdať sa vyššieho platu.

V druhom zápase novej sezóny si zranil jeho pravý členok a následne vynechal 18 zápasov. Po návrate tréner Van Gundy odstúpil a nahradil ho Pat Riley. Riley správne vycítil, že O'Neala musí šetriť na play-off a preto to bola iba jeho priemerná sezóna. V apríli zaznamenal jeho druhý kariérny triple double proti Torontu Raptors, keď zaznamenal 15 bodov, 11 doskokov a 10 asistencií. Vo finále konferencie vrátili prehru Detroitu a vo veľkom finále ich čakal Dallas Mavericks, ktorých porazili po 6 zápasoch. O'Neal tak plní svoj sľub a titul putuje do Miami.

V nasledujúcej sezóne Shaq vynechal ďalších 35 zápasov, lebo operáciu si tentoraz vyžadovalo koleno. Heat počas jeho neprítomnosti bojovali s dosť nepriaznivými výsledkami, ale po jeho návrate vyhrali 7 z nasledujúcich 8 zápasov. Tím však aj naďalej prenasleduje smola. Dwayne Wade si vykĺbil rameno a kritici pochybovali, že by sa O'Nealovi podarilo zaistiť pre Miami play-off. Jemu sa to však podarilo a v prvom kole ich čakali Bulls. Na tím zo Chicaga však nestačili a prvý krát po 50 rokoch obhajca titulu vypadáva v prvom kole. V tejto sezóne Shaquille O'Neal prekročil métu 25 000 bodov a stal sa 14. hráčom v histórii NBA, ktorému sa to podarilo. Zároveň to však bola jeho prvá sezóna, kedy jeho priemer klesol pod 20 bodov na zápas.

Začiatok sezóny 2007/08 bol pre Shaquilla ťažký. Rola v tíme sa čoraz viac zmenšovala a nebol menovaný ani do All-Star tímu. Opäť ho vyradilo zranenie, počas ktorého Heat zaznamenali šnúru 15 porážok. Podľa trénera si toto zranenie vymyslel a dostáva sa s ním do hádky. Ten sa čoskoro rozhodne O'Neala vytrejdovať. Neskôr sa vyjadril, že v čase jeho odchodu to medzi ním a Wadeom nebolo všetko najlepšie, ale zároveň vyjadril sklamanie, že sa ho spoluhráč nezastal.

Phoenix Suns

V tíme Phoenixu Suns debutoval 20.februára 2008 proti svojmu bývalému tímu Los Angeles Lakers. Získali ho výmenou za Shawn Mariona a Marcusa Banksa. Do konca regulárnej sezóny odohral 28 zápasov a priemeroval s 12.9 bodmi a 10.6 doskokmi na zápas.

V nasledujúcej sezóne sa mu darilo ešte o niečo lepšie. V prvej polovici mal na svojom konte priemerne 18 bodov, 9 doskokov a 1.6 blokov na zápas. Vrátil sa do zostavy All-Star Game a spolu s Kobe Bryantom získal cenu MVP zápasu. 27.2.2009 dosiahol v zápase 45 bodov a 11 doskokov proti Torontu Raptors, čo bol jeho 49. zápas v kariére, v ktorom dokázal streliť aspoň 40 bodov. Koniec sezóny mu však nevyšiel. Suns sa nedostali do playoff a to bola prvá sezóna od 1992/93, kedy tam Shaquille O'Neal chýbal. Suns hneď potom oznámili, že hráča chcú kvôli zníženiu nákladov vymeniť.

Cleveland Cavaliers

Dňa 25.júna bol O'Neal vymenený do Clevelandu Cavaliers za Sasha Pavlovica a Bena Wallaceho, 500 000 dolárov a druhý výber v drafte 2010. Po príchode do Clevelandu sa Shaq nechal počuť: "Moje motto je jednoduché: vyhrať prsteň pre kráľa," čím myslel LeBrona Jamesa. Vo februári sa však zranil a do hry sa vrátil až v apríli, v prvom kole playoff proti Chicagu Bulls. Cavaliers postúpili, ale v semifinále konferencie ich vyradil Boston Celtics. V tejto sezóne sa Shaquille stal najstarším aktívnym hráčom, keď kariéru ukončil dovtedy najstarší Lindsey Hunter.

Boston Celtics

Posledným tímom, kde Shaq zakotvil vo svojej dlhej a úspešnej kariére je Boston Celtics. Záujem prejavili aj Atlanta a Dallas, ale on si nakoniec vybral Boston. Podpis kontraktu bol oznámený 4. augusta 2010 a mal trvanie po dobu dvoch rokov za veteránske minimum. Po polke sezóny v zápasoch, kde Shaq odohral aspoň 20 minút mali v Bostone priaznivú bilanciu 19-3. Potom však kvôli zraneniu achilovky vynechal 27 zápasov a vrátil sa až v druhom kole playoff, kde Celtics prehrali s Miami Heat.

Dňa 1.júna 2011 Shaquille O'Neal prostredníctvom médií oznamuje odchod do športového dôchodku. Na twitteri nechal správu: "Dokázal som to! Deväťnásť rokov, baby. Chcem sa poďakovať. Dôvod prečo to hovorím je, že sa chystám odísť. Mám vás rád." Dňa 3.júna 2011 usporiadal tlačovú konferenciu, kde oficiálne oznamuje svoj odchod.