Univerzita

Po vystudování Detroit Country Day School, byl Battier brán jako velice dobrý student a ve studiu pokračoval na univerzitě Duke. V Duke strávil čtyři sezóny pod vedením Mikea Krzyzewskiho (současný trenér USA). Už na univerzitě byl často nejlepším obráncem na hřišti. Ve své první sezóně dokráčel se svým týmem do až do "Sweet 16", kde podlehli těsně Kentucky 86:84, když Duke promarnilo 17 bodové vedení.

V následující sezóně 1998-1999 se svým týmem probojoval až do Final Four. Zde porazili nejdříve Michigan State 68:62 (Battier si připsal 5 bodů, 10 doskoků, 2 bloky a 1 zisk za 33 minut). Ve finále poté narazili na Connecticut a prohráli 77:74 (Battier si připsal 6 bodů a 7 doskoků).

V ročníku 1999-2000 Duke padli už v regionálním semifinále, s Floridou prohráli 87:78. V tomto roce byl Battier jmenován do Consensus second team All-American.

Ve své poslední sezóně před vstupem do NBA Duke znovu postoupili do Final Four. V semifinále si poradili s Marylandem 95:84. Ve finále pak porazili Arizonu 82:72 a slavili titul NCAA. Battier se stal nejlepším hráčem Final four, byl jmenován do Consensus first team All-American, získal AP player of the Year, John R. Wooden Trophy, Adolph Rup Trophy, Academic All-American of the Year, Naismith Collage player of the Year a potřetí NABC Defensive player of the Year.

Následně byl jeho dres s číslem 31 vyřazen. Battier a Jason Williams byli jediná dvojice této univerzity, která dokozála nastřílet více jak 700 bodů. Shane vystudoval Duke se zaměřením na náboženství. K 28. březnu 2010 byl druhý v počtu odehraných minut a měl 36 zápasů, kde zaznamenal dvojciferný počet bodů (po něm následují Jon Scheyer, Jason Williams a J.J. Redick).